平成21年10月16日に厚生労働省新型インフルエンザ対策推進本部より
「地域の事業者等に対し、インフルエンザの軽症患者であれば、解熱後2日を経過すれば外出の自粛を終了することが可能であると考えられており、従事者等の再出勤に先立って医療機関を受診させ治癒証明書を取得させる意義が無いことについて、周知すること。
また同様に、症状がないにもかかわらず、新型インフルエンザに感染していないことを証明するために、医療機関を受診させ簡易迅速検査やPCR検査を行う意義はないことについても、周知すること」
と通達がされ、それを踏まえて平成21年10月19日に文部科学省より
「学校保健安全法(昭和33年法律第56号)第19条の規定に基づく児童生徒等の出席停止を行った場合などでも再出席に先立って治癒証明書を取得させる意義はないと考えられますので、適切に対応くださるようお願いします。
国立大学法人におかれましては各附属学校に対して、都道府県教育委員会におかれましては域内の市区町村教育委員会、所管の学校(専修学校・各種学校を含む。)、社会教育施設、社会体育施設及び文化施設に対して、都道府県私立学校主管課におかれましては所轄の学校(専修学校・各種学校を含む。)等に対して、周知をお願いします。」
と通達されています。
平成24年2月改訂版の学校保険安全法では学校感染症のうち第1種に関してましては「治癒するまで」、第3種に関しましては「症状により学校医その他の医師によって感染のおそれがないと認めるまで」、第2種に関しましては疾患によって出席停止期間は違いますが、インフルエンザに関しましては「発症後5日を経過し、かつ解熱した後2日(幼児は3日)を経過するまで」と決まっており、その期間を経過すれば治癒証明書、登園、通学許可書などが無くても無条件で出席可能となりますので、これらに則って職場や学校から登園、通学許可書を求められても拒否されても問題ないと思います。
それでもどうしても発行を希望される場合は所定の再診料と文書料をいただきますので悪しからずご了承下さい。

追記:上記通達があるにも関わらず登園、通学許可書を求める教育機関が多数あり、無料で発行している医療機関があるようですので当クリニックは患者さん本位の医療を提供する事を心がけていますから、診察した上で発行しますので再診料はいただきますが登園、通学許可書に関しましては特例で無料にすることにします。
職場からの治癒証明書に関しましてはそもそも必ずしも休業を要しませんので所定の再診料と文書料をいただきます。